Como mínimo, GNU/Linux necesita una partición para funcionar. Puede tener una sola partición para alojar a todo el sistema operativo, aplicaciones y sus ficheros personales. La mayoría de las personas creen que tener una partición de intercambio también es necesario, a pesar de que no es estrictamente cierto. La “partición de intercambio” (o «swap», N. del T.) es un espacio en sí dentro del sistema operativo, el cual le permite al sistema usar espacio del disco como “memoria virtual”. Al crear una partición de intercambio separada, Linux puede hacer un uso mucho más eficiente de ésta. Es posible forzar a Linux para que use un fichero como espacio de intercambio, pero no es recomendable.

Sin embargo, la mayoría elige usar más que el número mínimo de particiones. Hay dos razones por las que podría querer dividir su sistema de archivos en varias particiones pequeñas. La primera es por seguridad. Si algo ocurre y daña su sistema de ficheros, generalmente sólo afectará una partición. Así, sólo tendrá que sustituir solamente (desde los respaldos que cuidadosamente ha realizado) una parte de su sistema. Como mínimo, debería crear lo que generalmente se llama una “partición raíz”. Ésta contiene los componentes esenciales del sistema. Si daña alguna otra partición todavía podrá iniciar su sistema GNU/Linux para solucionar el problema. Esto evita que tenga que instalar nuevamente todo su sistema.

La segunda razón, es generalmente más importante cuando se instala una máquina para trabajar, pero realmente depende del uso de su computador. Por ejemplo, un servidor de correo que recibe una gran cantidad de «spam», puede facilmente llenarse y dejar sin espacio una partición, dejando el sistema inutilizable. Si coloca /var/mail en una partición separada, por lo general su sistema seguirá funcionado perfectamente, a pesar de recibir una gran cantidad de «spam».

Realmente, la única desventaja de usar más particiones es que a menudo es difícil saber por adelantado cuales serán sus necesidades. Si hace una partición demasiado pequeña, deberá instalar el sistema nuevamente, creado de nuevo las particiones que realmente requiere, o bien, tendrá que estar constantemente haciendo espacio en su disco duro para que no se llene completamente. Por otra parte, si hace la partición demasiado grande, perderá el espacio que se podría utilizar en otra parte. Hoy en día los discos son baratos, pero tampoco hay por qué gastar dinero innecesariamente.