Nejdůležitější je pochopit, jak pracuje balíčkovací software, protože systém je z velké části spravován právě balíčkovacím systémem. Jedná se o adresáře:

Do vyjmenovaných adresářů byste neměli zasahovat, protože byste mohli narušit informace udržované balíčkovacím systémem a mohlo by to vést až k nefunkčním aplikacím. Například když nahradíte program /usr/bin/perl, nejspíš bude vše fungovat, ale s přechodem k novější verzi balíku perl o své úpravy přijdete. Zkušení uživatelé tomu dokáží zabránit převedením balíku do stavu „hold“.

Jedna z nejlepších instalačních metod je určitě apt. Můžete ji použít z příkazové řádky programem apt-get, nebo v celoobrazovkové textové aplikaci aptitude. Apt vám dovolí sloučit všechny archivy (main, contrib a non-free), takže můžete instalovat jak standardní, tak exportně omezené verze balíčků.

Pokud udržujete více verzí různých aplikací, bude vás zajímat manuálová stránka příkazu update-alternatives.

Všechny periodické úlohy spojené se správou systému by měly být v adresáři /etc, protože to jsou konfigurační soubory. Pokud spouštíte administrátorské úlohy denně, týdně, nebo měsíčně, umístěte je do /etc/cron.{daily,weekly,monthly}. Spouštění těchto úloh je řízeno souborem /etc/crontab. Úlohy poběží postupně podle abecedního pořadí.

Jestliže však máte speciálnější požadavky (potřebujete úlohu spouštět pod jiným uživatelem nebo chcete úlohu pouštět v určitém čase nebo intervalu), můžete použít soubor /etc/crontab, nebo ještě lépe /etc/cron.d/cokoliv. Tyto soubory mají navíc pole pro jméno uživatele, pod kterým se má úloha spustit.

V obou případech stačí přidat/upravit soubory a cron je automaticky rozpozná a začne používat — není potřeba spouštět žádný příkaz. Další informace jsou v cron(8), crontab(5) a /usr/share/doc/cron/README.Debian.