Le concept le plus important à assimiler est le système de gestion des paquets. La plus grande partie de votre système est sous le contrôle du système de gestion des paquets. Cela inclut :

Par exemple, si vous remplacez /usr/bin/perl, cela fonctionnera, mais lors de la prochaine mise à jour du paquet perl, le fichier que vous avez modifié sera remplacé. Les experts évitent cela en marquant le paquet comme « à conserver (hold) » avec l'application aptitude.

L'une des meilleures méthodes d'installation est la méthode apt. Vous pouvez utiliser la version ligne de commande apt-get, ou bien la version plein écran aptitude. Notez qu'apt permet de fusionner plusieurs sources pour les paquets : main, contrib et non-free ; ainsi vous avez accès aussi bien aux paquets soumis à des restrictions d'export qu'aux versions standard.

Les différentes versions des applications sont gérées par update-alternatives. Si vous utilisez plusieurs versions de vos applications, lisez la page de manuel de update-alternatives.

Les actions dont l'administrateur a la responsabilité devraient se trouver dans le répertoire /etc, car ce sont des fichiers de configuration. Si un travail doit être répété chaque jour, semaine ou mois, mettez simplement un script ou une application exécutant cette action respectivement dans /etc/cron.daily, /etc/cron.weekly et /etc/cron.monthly. Ils seront appelés depuis /etc/crontab, et lancés consécutivement par ordre alphabétique.

D'un autre côté, si vous avez une tâche qui doit être lancée par un utilisateur particulier, ou à une heure ou à une fréquence bien précise, vous pouvez utiliser /etc/crontab, ou, mieux encore, /etc/cron.d/votre_choix. Ces fichiers possèdent aussi un champ supplémentaire qui permet de spécifier sous quelle identité l'action sera exécutée.

Dans tous les cas, vous n'avez qu'à modifier les fichiers, et cron le remarquera automatiquement. Vous n'avez pas à lancer de commandes spéciales. Pour plus d'informations, lisez cron(8), crontab(5) et /usr/share/doc/cron/README.Debian.